Producenci pomidorów zamawiają zwykle rozsadę szczepioną, jednopędową lub – częściej –  dwupędową. Szczepienie na podkładkach zapewnia odmianom pomidora zwiększoną odporność na choroby, a także silny system korzeniowy – co pozwala m.in. na lepsze odżywienie rośliny i owoców oraz lepsze ich wypełnienie. Dzięki zwiększonej sile wzrostu, pomidory szczepione można prowadzić na dwa pędy. Rośliny szczepione – jak określają ogrodnicy „łatwiej wybaczają” błędy uprawowe.

Do określonej  odmiany dobierane są podkładki polecane przez firmy nasienne – najpopularniejsze są nadal podkładki Maxifort F1, używane są także inne, głównie Arnold F1, Kardia F1, Emperador F1. Na wczesne nasadzenia zamawiane są głównie odmiany malinowe i niektóre wielkowocowe oraz standardowe. W tych terminach popularne są m.in. Tomimaru Muchoo F1, Torero F1, Admiro F1 a także Edamso F1. Spośród odmian całogoronowych duży udział mają m.in. Merlice F1 i Maxeza F1.

W niektórych gospodarstwach już na etapie produkcji rozsady rozpoczyna się ochronę biologiczną roślin. Do monitorowania uprawy na obecność szkodników rozwieszane są żółta tablice lub taśmy lepowe. Rozpoczyna się także introdukcję organizmów pożytecznych, głównie dziubałeczka mączlikowego (Macrolophus pygmaeus).

Do profilaktycznej ochrony  przed chorobami odglebowymi stosowany bywa do podlewania rozsady środek Previcur Energy 840 SL (propamokarb i fosetyl), w stężeniu 0,15%, (używając 2-3 l roztworu na m2  lub 1 l roztworu na 4-5 roślin). Wśród preparatów biologicznych do tego celu polecane jest Polyversum WP. Zawiera on w swoim składzie Pythium oligandrum – niepatogeniczny grzyb, który rozkłada enzymatycznie strzępki grzybów patogenicznych i stymuluje mechanizmy odpornościowe roślin. Należy pamiętać, że po zastosowaniu tego środka nie można używać doglebowo chemicznych fungicydów.