Rośliny więdły i stopniowo zamierały. W niektórych gospodarstwach straty w uprawach papryki sięgają nawet 30-40%. Na początku sezonu występowała głównie fytoftoroza oraz zgorzel podstawy łodyg natomiast w późniejszym okresie zgnilizna twardzikowa i werticilioza. Miejscowo stwierdzono także występowanie nicieni.

Najskuteczniejszym sposobem zapobiegania chorobom odglebowym jest przestrzeganie prawidłowego zmianowania oraz termiczne lub chemicznie odkażanie gleby. Należy wysiewać nasiona zaprawione preparatami grzybobójczymi zawierającymi mankozeb (Dithane NeoTec 75 WG, Mac-Mancozeb 75 WG, Sancozeb 80 WP w dawce 2-5g/kg nasion) lub tiuram (Zaprawą Nasienną T 75 DS/WS w dawce 3g/kg nasion). Chemiczną dezynfekcję podłoża można wykonać preparatem Basamid 97 GR, który niszczy zimujące w glebie zarodniki grzybów. Zabieg należy wykonać jesienią (październik) lub wczesną wiosną (koniec marca – początek kwietnia), po usunięciu z pola resztek roślin. Granulat (w dawce 50g/m2) należy wymieszać z 30 cm wierzchnią warstwą gleby. Następnie powierzchnię lekko zwałować i przykryć folią na 5-7 dni w celu utrzymania wilgotności. Rośliny można uprawiać po 1,5-5 tygodni od przeprowadzenia zabiegu (w zależności od temperatury) i przeprowadzeniu testu rzeżuchowego. Odkażanie podłoża likwiduje także szkodniki zimujące w glebie oraz nasiona chwastów.

Ważną rolę w profilaktyce odgrywa również prawidłowe nawożenie. Zbyt duża ilość azotu w podłożu sprzyja nasileniu występowania chorób odglebowych.